Secara geografis Desa Sumberharjo merupakan bagian dari wilayah Kabupaten Sleman, bagian sebelah selatan berbatasan langsung dengan kabupaten Bantul, sebelah barat berbatasan Kecamatan Berbah, sebelan utara berbatasan dengan Kelurahan Madurejo, dan sebelah barat berbatasan dengan. Desa Sumberharjo terdiri dari 18 dusun yang luasnya 91 hektar dan sebagian besar terletak di daerah perbukitan. Dataran rendah meliputi Dusun Nglepen, Ngripungan, Plutungan, Bulusari, Sambikerep, Pathuk, Wunut, Dinding, Kepuh dan Sengir. Akibat guncangan gempa berkekuatan 5,9 skala richter pada hari sabtu tanggal 27 Mei 2006 lalu, Dusun Nglepen yang berada di daerah perbukitan bergeser sehingga membentuk lekukan menyerupai jurang dengan kedalaman 7 meter, lebarnya 15 meter, dan panjangnya 300 meter. Sebanyak 3 rumah ambles dan 14 lainnya rusak berat.